肠易激的治疗括般治疗、药物治疗及心理治疗等。由于肠易激通常与饮食、应激和心理因素等相关，如果无法去除这些干扰因素，也要设法减小这些因素的影响。目前针对肠易激的治疗被认为仅中度有效，人们还在不断寻找新的治疗方法。鉴于益生菌对肠易激可能的作用，人们尝试用益生菌来治疗肠易激。美国及日本胃肠病学会对于肠易激的治疗指南均指出益生菌治疗是有益的，但疗效不确定，需考虑个体化治疗。
有研究报道益生菌能改善整体症状，同时也有试验证实无效，还有报道其主要疗效不确定，但对次要结果，如腹痛、腹胀有效。然而即使是同一研究组对于各症状的疗效也不统一，原因可能是益生菌的种类及方法学的差异，因此Ford等对这些文献进行了系统综述来评价益生菌对肠易激的疗效。文献检索(1946~2017)共53项RCT研究，纳入5545名房者，29项试验采用多种益生菌制剂联合治疗，包括乳酸杆菌 F19、La5，鼠李糖乳杆菌，双歧杆菌 Bb12，VSL#3，嗜热链球菌，酵母菌，大肠杆菌等的不同组合，其中 1931 人的 21项试验结果显示其疗效优于对照组(RR-0.79，95% CI:0.68一0.91)，但存在显著异质性。3073人的33项试验采用肠易激症状评分或腹痛评分的结果显示益生菌可改善整体症状，减轻腹痛、腹胀，但最终哪种益生菌或哪些益生菌联合治疗效果更优并无定论。对于益生菌相关的不良反应，益生菌组及安慰剂组差异无统计学意义。

另有一项对于儿童肠易激(8~17岁)的随机双盲对照试验来评价益生菌制剂联合治疗的效果，以3种双歧杆菌(infantis M-63，breve M-16V，longum BB536)制成混合制剂，结果显示治疗组能显著改善肠易激症状，尤其是腹痛症状。

目前许多研究提示益生菌联合治疗对于肠易激有一定疗效。此外，还有研究报道乳杆菌属NCC2461 在小鼠模型中可减缓感染后的肠道运动障碍。也有一些动物模型证实益生菌可改善内脏的高敏感性。嗜酸乳杆菌NCFM可诱导肠道细胞的大麻素及阿片类受体表达，因此可解释益生菌对内脏高敏感性的疗效。目前推测轻微的肠道炎症及后续的神经调控可能是驱动肠易激病理生理变化的潜在病理因素，而益生菌具有一定的抗炎作用，有RCT研究报道婴儿双歧杆菌(Bifidobacterium infantis)35624 可使肠易激患者体液循环中的IL-12和IL-10水平恢复常态。
在一项评价个体细菌种类的研究中，双歧杆菌改善症状的作用与抗炎细胞因子 IL-10和促炎细胞因子IL-12相关产物的变化有关。观察显示益生菌具有抗炎效应，这和炎症性肠病如回肠隐窝炎中的效果相一致。IL-10是许多免疫调节细胞的产物，包括肥大细胞、B淋巴细胞、Th1 和 Th2 淋巴细胞及单核巨噬细胞。其抗炎作用包括抑制 Th1 淋巴细胞产生 IFN-y 和 IL-2，抑制 Th2 淋巴细胞产生 IL-4和IL-5，抑制单核巨噬细胞产生 IL-1B、IL-6、 IL-8、IL-12 和 TNF-a，以及抑制自然杀伤细胞产生 IFN-y 和 TNF-a。动物模型和人体研究均显示了特殊益生菌的免疫学调节作用。在实验性啮齿动物研究中发现罗伊氏乳杆菌可抑制由 TNF-a介导的IL-8 的产生。同样，鼠李糖乳杆菌也可通过多种信号通路增加IL-10受体的表达，抑制 NF-kB 的活性，增加肠道上皮细胞的紧密连接。
有两项研究报道了益生菌对结肠转运功能的作用，研究对象分别为以腹泻为主的 IBS康者，以及以腹胀为主的肠易激患者。与安慰剂组相比，以腹泻为主的肠易激患者的结肠转运功能治疗前后的变化无显著差异;而在以腹胀为主的 1BS 患者中，调整肠道运输时间基线后，VSL#3 治疗组相对于安慰剂组能显著延迟结肠转运功能，这种对转运功能的影响与肠功能的恶化无关。Bazzocchi 等在 VSL#3 的开放式研究期间发现结肠反射引起的球状扩张明显减少，因此，进一步的研究可探索粪便延迟运输的机制、对结肠感觉的潜在影响和营养物质在结肠的发酵作用等。
此外，乳酸杆菌和双歧杆菌属能早期解离和吸收胆汁酸，进而降低结肠转运胆汁酸盐的负担。已知胆汁酸在回肠贮留的减少(因此会增加结肠的转运)可能是引起功能性腹泻症状的潜在病因。因此，益生菌的另外一个角色就是减少胆盐转运至结肠，避免了胆盐诱导的结肠分泌和黏膜通透性改变。结肠细菌正常代谢营养素底物到达结肠伴随气体形成和短链脂肪酸的产生，可进一步引起推进性收缩和加速运输或增强液体和钠在结肠的吸收。补充益生菌可引起结肠常驻菌群改变，改变结肠营养素底物的代谢，从而改变结肠运输和液体流动。
虽然目前对于肠易激的治疗方法有限，但是随着医疗技术的进步，一些新兴的治疗方式正逐渐应用于临床。对于菌群治疗而言，目前的热点就是粪菌移植(fecal microbiota transplantation，FMT)，这是一种将健康人肠道功能菌群分离后移植到患者肠道内，通过重建患者肠道菌群而治疗消化系统疾病的方法。近年来，其临床应用的报道越来越多，对于难治性艰难梭菌感染疗效确切。首个 FMT 治疗中重度 IBS-D 和 IBS-M 的 RCT 试验显示FMT有明显的疗效并且无不良反应,也有报道表明FMT治疗对 IBS-D 无效,还有报道FMT可改善嗳气和胀气症状。此外，益生菌代谢产物治疗、益生菌转基因治疗等都可能成为未来的治疗方向，例如，体外研究显示乳酸杆菌 NCIMB8826 的培养液可抑制肠道分泌 TNF因子，乳球菌中转人人IL-10 基因可治疗克罗恩病，改善临床症状。
总之，最近的 Meta 分析和系统综述证实了益生菌在肠易激中的作用:单一或联合给予某些益生菌株能缓解肠易激症状，如便秘、肠胃胀气和腹鸣。但是不同研究之间、不同益生菌株之间的作用和效力差别很大，益生菌在肠易激中的效用与其他疾病一样，都是菌株高度特异的，而在全世界特定菌株的变异和剂型差异非常大。因此，推荐进行更长时程的试验，并关注菌种和菌株、最优剂量及获益最多的人群。