粪菌移植已成为复发性艰难梭菌(C. difficile)感染的高效治疗方法，早期的经验表明它也可能在治疗其他胃肠道(GI)和非胃肠道疾病中发挥作用。美国胃肠内镜学会 (ASGE) 的月刊同行评审科学期刊GIE: Gastrointestinal Endoscopy8月刊中的评论文章“粪便微生物群移植概述：技术、适应症和结果”对此主题进行了研究。）。同样在本期中，该杂志推出了一个名为 VideoGIE 的新版块，其中包含内窥镜手术的高质量视频。

粪菌移植是指将健康个体的粪便悬浮液注入另一个人的胃肠道以治愈特定疾病。粪菌移植最近受到了公众的关注，一些研究表明粪便是一种具有生物活性的复杂生物体混合物，对艰难梭菌感染和其他胃肠道和非胃肠道疾病具有巨大的治疗潜力。艰难梭菌是一种细菌，被认为是抗生素摄入后可能发生的结肠炎（结肠炎症）和腹泻的主要病原体。由于使用抗生素或其他压力，结肠微生物群的正常平衡被破坏可能导致艰难梭菌感染。现在估计每年在美国医院和长期护理机构中发生500,000至300万例艰难梭菌病例。
根据作者 Lawrence J. Brandt, MD 和 Olga C. Aroniadis, MD, Montefiore Medical Center, Bronx, New York的说法，目前艰难梭菌的一线治疗包括在可能的情况下停用罪魁祸首抗生素，并使用甲硝唑进行治疗，万古霉素或非达霉素，取决于疾病的严重程度。大多数艰难梭菌患者最初对这种治疗有反应，但复发率为15%到35%。一次复发的患者有高达45%的机会再次复发，第二次复发后，高达65%的患者将有第三次复发。复发通常通过额外疗程的甲硝唑、口服万古霉素或以各种脉冲逐渐变细的方案延长口服万古霉素治疗，偶尔会被其他抗生素（如利福昔明）“追赶”。艰难梭菌的高复发率促使需要替代疗法，作者认为粪菌移植提供了一种合理且相对简单的方法。
粪菌移植方法，包括供体和受体筛选、供体选择、粪菌移植的执行方式和安全性。粪菌移植最常通过结肠镜检查进行；然而，捐赠者粪便也已通过鼻胃管或鼻肠管、胃十二指肠镜检查和灌肠进行给药。所有研究都报告了显着的治愈率，没有直接归因于粪菌移植的严重不良反应。该文章指出，目前关于艰难梭菌粪菌移植的文献主要包括单中心病例系列和病例报告，但也包括一项荟萃分析、两项系统评价和一项最近发表的随机对照试验。总共有92%的患者治愈了复发性艰难梭菌，范围为81%到100%。在迄今为止唯一一项包括5个医疗中心和77名粪菌移植患者的粪菌移植长期随访研究中，患者的一级治愈率为91%，二级治愈率为惊人的98%，后者被定义为治愈通过使用患者在粪菌移植或第二次粪菌移植之前没有反应的抗生素来实现。该研究中的患者在粪菌移植 前平均出现症状11个月，大多数（74%）报告腹泻在三天内消退。粪菌移植 也已成功用于治疗多种其他胃肠道疾病，包括炎症性肠病、肠易激综合征和便秘。