自闭症的发病时间通常是三岁以内，关键时期是出生之前、期间或出生后不久，这正是孩子生长发育的关键时期，极易受到外界环境的影响。研究发现，怀孕期间的各种影响因素都有可能影响孩子的神经发育，如怀孕期子宫感染和孕期并发症、接触化学物质、环境污染、围产期和产后健康状况等都在一定程度上提高了孩子患自闭症的风险。

患有自闭症的儿童通常存在多种饮食问题，他们对味道、质地和气味等感官刺激极端敏感，并对吃的东西极其挑剔。与此同时，自闭症儿童的肠道症状也很明显。2006—2010年，美国3~17岁的自闭症儿童患有腹泻或结肠炎的比例是正常人的7倍。61%的自闭症儿童同时伴有至少一种胃肠道症状，并且所有伴有消化道症状的儿童，情感问题都比较严重。具体来说，患有自闭症的儿童中有25%伴有腹泻，25%伴有便秘，并且胃肠道炎症影响了他们对营养物质的吸收，再加上普遍挑食、厌食，他们营养不良的比例也很高。
自闭症患者肠道出现炎症时，会引起肠道细胞肿胀，细胞间隙变大，引起肠漏（gut leakage），导致大分子物质能够穿透肠壁进入人体，此外，严重的肠道问题可能伴随肠道的破损和溃疡，大分子物质就更容易进入肠道，进入血液循环系统，一些分子透过血脑屏障进入大脑，影响到大脑的正常运行。